امام خمینی در پیامی خطاب به اعضای مجمع تشخیص مصلحت نظام، حدود اختیارات مجمع را تعیین و ضمن تذکر به شورای نگهبان فرمودند: « اعضای عزیز شورای نگهبان... خودشان قبل از این گیرها، مصلحت نظام را درنظر بگیرند... یکی ازمسایل مهم در دنیای پرآشوب کنونی نقش زمان و مکان در اجتهاد و نوع تصمیم گیری هاست. حکومت فلسفه عملی برخورد با شرک و کفر و معضلات داخلی و خارجی را تعیین می‏کند و این بحث‏های طلبگی مدارس، که در چارچوب تئوری هاست نه تنها قابل حل نیست که ما را به بن بست‏ها می‏کشاند که منجر به نقض ظاهری قانون اساسی می‏گردد... باید تمام سعی خودتان را بنمایید که خدای ناکرده اسلام در پیچ و خم‏های اقتصادی، نظامی، اجتماعی و سیاسی متهم به عدم قدرت اداره جهان نگردد».